Sa pojavom multislajsnih skenera, CT se po informativnosti približio, a u nekim elementima i nadmašio magnetnu rezonancu. Skener je jeftinija i brža metoda, daje bolju trodimenzionalnu prostornu rezoluciju i informaciju o malim patološkim promenama.
MSCT je prioritet pre svega za pregled pluća i grudnog koša, regija dušnika i glasnih žica, struktura srednjeg i untrašnjeg uha, sinusa, svih krvnih sudova u telu od moždanih i vratnih, preko pregleda najveće arterije u telu – aorte, plućnih i trbušnih arterija i vena, do krvnih sudova nogu i stopala.
Takođe, MSCT je prioritet i jedina dijagnostička metoda kod pacijenata koji ne smeju ući u MR magnetno polje, a to su pacijenti sa pejs-mejkerom, pacijenti sa metalnim implantima u telu, veštačkim zglobovima, metalnim hirurškim materijalom i stranim telima zaostalim nakon povreda vatrenim oružjem, kao i vrlo teški pacijenti u komi, pacijenti na kiseoniku i uznemireni pacijenti, jer pregled traje čak i do pola sata kraće nego pregled magnetnom rezonancom.
Skener je takođe neprikosnoven u dijagnostici oboljenja kamenaca i malih tumora bubrega i mokraćnih kanala.
Magnetna rezonanca MR je pak bolja i preciznija u dijagnostikovanju patologije kičme, mozga, zglobova, dojke, žučnih puteva i žučne kese i naročito u oboljenjima debelog creva, prostate i ginekološke regije-materice, jajnika i vagine.